SMKN 6 Manado memiliki fasilitas yang mendukung kegiatan belajar mengajar, seperti:
- Ruang kelas yang nyaman dan ber-AC
- Laboratorium praktikum untuk program studi Farmasi, Teknik Komputer dan Jaringan, dan Akuntansi
- Perpustakaan yang menyediakan berbagai buku dan jurnal
- Lapangan olahraga yang luas dan lengkap
- Kantin yang menyajikan makanan dan minuman sehat dan halal
- Akses internet yang cepat dan stabil
- Listrik dari PLN
Selain itu, SMKN 6 Manado juga memiliki fasilitas khusus, seperti:
- Kelas pelatihan untuk bekerja di Jepang
- Minuman herbal dari tanaman lokal